Einige Bakterien und Viren sind als Verursacher von Krebs bekannt: Humane Papillomaviren, die Gebärmutterhalskrebs hervorrufen, oder das Hepatitis-B-Virus, das für die Ausbildung von Leberkrebs verantwortlich sein kann. Bakterien wie der Helicobacter pylori können ein Adenokarzinom im Magen verursachen. Dr. Sven Borchmann von der Klinik I für Innere Medizin der Uniklinik Köln und der Medizinischen Fakultät hat Sequenzdaten von 3.025 Patientenproben genutzt, um Einblicke in bekannte und neue Verbindungen zwischen Viren, Bakterien und Krebs zu gewinnen.

“Die Sequenzierung von Tumoren erzeugt mittlerweile routinemäßig Datensätze, die groß genug sind, um nachweisbare Spuren von Nukleinsäuren von Bakterien oder Viren zu enthalten, die das Gewebe besiedeln oder in das Wirtsgenom integriert werden. Diese verborgene Ressource wurde bislang noch nicht umfassend in großen Patientenkohorten untersucht. Ich konnte für meine Arbeit auf die Datensätze aus mehreren Studien des International Cancer Genome Consortiums zugreifen und mit Kontrolldatensätzen aus dem 1000-Genome-Projekt validieren” beschreibt Dr. Borchmann die Methode.

Dabei konnte er nicht nur einige bekannte Verbindungen zwischen Viren, Bakterien und Krebs bestätigen und mögliche neue Verbindungen entdecken, er hat darüber hinaus auch nachgewiesen, dass bestimmte Bakterien und Viren mit Patientenmerkmalen wie dem Alter und Tumoreigenschaften wie zum Beispiel dem Tumorstadium, dem Überleben und bestimmten Mutationen in Krebsgenen oder spezifischen Genexpressionsprofilen zusammenhängen. Entstanden ist ein neuer, detaillierter Atlas möglicher Assoziationen zwischen Viren, Bakterien und Krebs, der als Basis für zukünftige Studien und weitere experimentelle Validierung dienen kann.

Publikation:

Microbiome (2021) 9:94, An atlas of the tissue and blood metagenome in cancer reveals novel links between bacteria, viruses and cancer, Sven Borchmann, DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-021-01039-4, https://rdcu.be/cjc61